Федор Емельяненко родился в 1976 году в городе Рубежное, Луганской области в семье Владимира Александровича, и Ольги Фёдоровны. У Емельяненко есть старшая сестра Марина (1974 года рождения) и младшие братья – Александр (1981 г.) и Иван ( 1988 г.), оба выступающие в ММА. В 1978 году семья Емельяненко переехала в Старый Оскол, в Белгородской области, где Фёдор оставался жить и тренироваться, даже будучи знаменитым спортсменом. Жили Емельяненко всей семьей в коммунальной квартире
С 10 лет Федор начал заниматься самбо и дзюдо. Интересно, что с собой на тренировки Фёдор начал приводить младшего брата, Александра, которого не с кем было оставить дома, в результате чего Александр сам стал профессиональным спортсменом. Фёдор непрерывно продолжал занятия и после школы, во время обучения в городском ПТУ № 22, которое окончил с красным дипломом в 1994 году по специальности «электрик».
В 1995 году Емельяненко призвали в ряды российской армии, где тот прослужил до 1997 года. За годы службы, не забывая об интенсивных тренировках, Федор увеличил мышечную массу более чем на 20 кг. Из воспоминаний сослуживца : Федя хорошо служил. Здоровый, крепкий солдат. Всегда был первым на выездах на пожар. Мы с ним вместе выезжали на ликвидацию пожаров, тушили горящие дома. В Подмосковье в основном дома деревянные, постройки старые. На пожаре Федя был на передовой, на него всегда можно положиться. Смелый был, как и сейчас на ринге. В свободное время мы с ним в гараже занимались физическими упражнениями на тренажерах. Держали себя в форме. Федор все время тянулся к спорту, не упускал ни одной свободной минуты
